강도높은 지진으로 폭발한 원자력발전소. 엄마와 동생은 할머니댁, 아빤 출장으로 피해를 모면했지만 태평인 고스란히 피폭되었고, 마을은 폐쇄되고 사람들은 뿔뿔히 흩어졌다. 태평이 담임선생님만 알고 있어도 방사능에 오염되었지만 전염되지 않아도 아이들은 피하고 반에서 보이지 않는 아이가 되어간다. 하지만 방사능에 오염된 건 사람 뿐 아니라 바다와 육지에 사는 생물도 오염되었는데 특히 바다 생물들은 크기도 커지고 성질도 고약해져서 사람들을 공격한다.

방사능에 피폭되면서 DNA 연결고리가 떨어지고 유전자가 변형되어 돌연변이가 되기도 하는데 암이 아닌 초능력이 생겼다며 어떤 사람이 태풍이를 찾아오고 태평인 1년간 지구방위본부에서 집중치료와 훈련을 받은 후에 여러 기능이 들어간 옷을 입고 아토믹스가 되어 괴수들을 물리친다.

나는 지구를 지키는 소년이고, 괴수를 소탕해야 하는 것이 임무다.

괴수 고래가 나타나 심장을 찌르며 물리친다 싶었는데 심장이 2개인게 밝혀지고 힘들게 물리치는데 태평인 나쁜 냄새가 자꾸 나고 뭔가 몸에 변화가 일어나는데 병원에서는 몸의 병은 정신에서 일어난다며 마음을 편하게 하라고 한다. 정말 그게 다 일까?

원전 반대 운동을 하는 환경운동가인 아빠는 태평이를 위로하면서 ‘시그마 워터’에 대해 말해준다. 어떤 약보다 정화작용이 뛰어나서 방사능에 오염된 생물도 치유할 수 있다며 그걸 찾기 위해 아빠는 잠수함을 타고 바다를 누빈다고 한다. 그런데 왜 엄마에겐 사실대로 말하지 않는 걸까..

어느 날 중학생 서태풍이 아토믹스 멤버로 지구방위본부에서 훈련을 받기 시작한다. 발전소 근처 초등학교에 다니는데 대피명령을 어기고 도서관에서 책을 보다 피폭되었고 엄청난 팔의 힘을 가지고 있다. 태평과 다르게 훨씬 빠른 속도로 훈련을 받고 모의 훈련까지 마치고 괴수가 나타나자 바로 투입된다.

태평이가 온 후 은퇴한 전직 아토믹스 혜미와 연락이 되는데 집이 아니라 병원에 있다고 한다. 어디가 아픈 걸까? 병문안을 온 태평에게 혜미는 우리들이 갖고 있는 초능력이 뭐라고 생각하냐고 묻는다. 글쎄, 힘은 세졌지만 딱히 뭐라고 말하기 힘든 태평.

커다란 괴수 아귀가 나타나고 서태풍이 잘 무찌르자 태평인 자신도 이제 쓸모없다 생각하고 문득 폐쇄된 마을로 간다. 5년이 지났지만 마치 백년이 흐른듯 달라진 마을은 풀만 무성하게 자라 황폐해져있다. 간혹 트럭들이 지나가고 폐기물을 학교 운동장에 쌓아둔다. 괴수 아귀를 물리친 태풍은 기세등등하고 몸이 점점 힘들어져 자신도 지키기 힘든 태평은 어떻게 지구를 지킬지 난감해진다. 혼자 광안리 해변에 앉아있는데 마침 거대한 괴수 문어가 나타나고 서태풍이 혼자 힘들어하자 태평에게 연락을 하고 본부에서 보내온 슈트를 입고 출동한다.