메리 레녹스는 인도에서 부모님과 저택의 사람들이 모두 콜레라로 죽은후, 고모부가 사는 미셀스웨이트 장원으로 가게된다. 메리는 사람들로부터 경계심을 가지고 붙임성도 없으며 의욕또한 없었다.
이러한 메리가 사람들의 사랑을 받지 못하며 혼자서 살아가는것에 익숙해져갈때, 메리는 미셀스화이트 장원에서 하녀 마사를 만나게 되고 자신의 아야와 달리 스스로 옷을 입고 먹을것을 권하는 당당한 그녀를 보며 놀란다. 혼자 놀기위해 나갔던 정원에서 노인정원사 벤과 붉은가슴울새를 만나 메리는 울새가 친구가 되기위해 그녀에게 다가오자 처음으로 아이다운 즐거움을 보여준다. 마사에게서 숨겨진 화원얘기를 들은 메리는 정원을 찾기위해 밖으로 나가는 일이 잦아지는데 밤 중 우는 소리를 듣게 된다. 우연히 숨겨진 정원의 열쇠를 찾게 된 메리는 마사의 어머니께서 준 줄넘기를 하러 나온 밖에서 로빈의 도움으로 정원의 문까지 닿게 된다. 정원안으로 들어간 메리는 정원에 애정을 갖게 되고, 마사의 남동생 디콘과 정원을 다시 꽃피울 계획을 세운다. 그러던 밤, 밤에 들리는 울부짖는 소리를 따라 쫒아간 방안에서 고모부의 아들인 콜린을 만나게 되고 연약한 콜린에게 이야기를 들려주며 메리는 콜린과 친구가 된다. 정원을 돌봄과 동시에 자신의 병약한 몸에 콤플렉스를 가지고, 자신에게 관심을 보여주지 않는 아버지에게 상처입은 콜린의 자존심을 회복시켜주며 메리는 점차 미셀스화이트 장원에서 보통 여자애 다운 생기를 찾아간다. 메리에게서 정원에 대한 이야기를 듣고, 점차 밖에 대한 용기와 관심을 가지게 된 콜린은 정원에 가본 후 그동안 나가기 꺼렸던 밖 세상에 대한 호기심을 가진다. 디콘과 메리와 함께 정원을 가꾸며 점차 더 자주 웃게 되고, 더 많이 움직일 수 있었던 콜린은 점차 병세가 호전되게 되나 콜린은 아버지를 깜짝 놀래키기 위해 어른들에겐 자신의 변화를 숨긴다. 마사의 어머니인 소어비부인과 벤노인의 조그만 도움들도 아이들을 기쁘게 했고, 피어나는 새싹들과 장미 꽃봉오리들을 보며 콜린은 드디어 휠체어에서 일어나 걸음을 디딜 수 있게 되고, 고모부인 크레이븐씨가 장원으로 돌아왔을 무렵 콜린은 자신의 아버지를 향해 달려갈수 있게 된다.
이 책을 읽으며, 나는 첫번째로 자연에서 뛰어노는 것이 아이들에게 주는 신비로움과 즐거움을 느꼈다. 사람들의 애정없이 잘사는 집안에서 홀로 지내며 날카롭던 아이들이 자연속에서 새로운 싹들과 작은 동물들을 보며 디콘처럼 건강하고 활기차지는 모습은 내가 내 단조로운 일상에서도 자연에서 일어나는 멋진 변화들에 관심을 가져 소소한 행복들을 얻을 수도 있겠다 생각하게 했다. 무엇보다 어른들의 무관심속에서 자라 타인들의 관심과 애정을 바라면서도 먼저 다가갈줄 몰라 외로웠던 아이들에게 즐거움과 웃음, 사람들에 대한 정이라는 새로운 것들을 배워가는 모습이 감동이었다. 아이들이 키우는데 주력한 것은 장미였는데, 콜린의 어머니가 장미를 특히나 아꼈기 때문이다. 아이들이 씨앗을 뿌리고 장미묘목에서 썩은 가지를 잘라내 새로운 장미화원을 만들어가는 모습은 참 예뻤다. 톡톡한 조연으로 나오는 붉은가슴울새와 디콘의 동물들, 미셀스화이트 장원의 많은 어른들이 아끼는 순박하고 착한 자연을 아끼고 동물들과 서로 배려하여 아껴줄줄 아는 소년 디콘또한 이 책에서 놓칠 수 없는 예쁨이었다.
고모부가 아주 오랜 기간끝에 소어비부인으로부터 온 편지를 받고 미셀스화이트 장원에 왔을때, 그의 아내가 죽은 후 사라졌던 그의 행복과 사랑, 화원은 아이들이 자연과 어울리며 다시 돌아오기 시작했다. 정원이 다시 꽃을 피움과 동시에 미셀스화이트 장원식구들이 모두 다시 행복의 꽃을 피웠으니, 비밀의 화원은 그들 마음속에 숨어있던 행복일거라고 생각한다. 아이들이 정원에서 꽃을 피우며, 그들의 외로움을 치료하며 웃음의 꽃또한 피워냈으니 말이다.