주인공 매리앤은 열 살이 되는 날을 손꼽아 기다립니다. 이날이 중요한 이유는 먼저 두 자리 숫자 나이에 접어들고 두 번째는 부모님이 승마수업을 받을 수 있도록 허락한거지요.
하지만 승마수업을 받고 온 날 매리앤은 몸이 아프기 시작하지요. 금방 나을 거라 생각했지요. 좀처럼 낫지가 않지요. 오직 의사가 자리에서 일어나도 된다는 말만 기다리게 됩니다. 매리앤이 아픈지 삼주 후에 우연히 그 연필을 발견합니다. 어머니의 바느질 상자 안에 들어 있었지요. 매리앤은 스케치북에 집을 그렸지요 집주위에 울타리도 그리고 울타리 안에 꽃을 그리고 울타리 밖 풀밭에는 커다란 돌과 바위덩어리를 몇 개 그려 넣었지요.
그날 의사인 버튼박사는 매리앤에게 슬픈 소식을 전하지요 이번 학기에는 학교를 다닐 수 없을 거라는 충격적인 말을 전해주지요. 매리앤은 크게 실망을 합니다. 그날 매리앤은 꿈을 꾸는데 꿈속에서 낯선 집이 나오지요. 하지만 그 집에 사람이 보이지 않지요. 꿈에 깬 매리앤은 꿈속의 집이 스케치북에 그린 집과 같다는 걸 알았지요. 그래서 집 창문에 남자아이를 그려 넣었지요. 다시 꿈속에서 그 남자아이를 만났지만 집에 계단이 없어서 내려 올 수 없어서 문을 열어 줄수 없다고 하지요. 이튿날 엄마가 고용한 가정교사인 체스터필드 선생님이 오셨지요. 매리앤이 상상한 엄격한 가정교사가 아닌 젊고 무척 예쁜 선생님 이었어요.선생님이 가르친 아이들을 말하다가 몸이 마비되는 심한 병을 앓고 있는 마크라는 남자아이에 대해서 듣게 되지요. 생각 외로 아침마다 수업을 받는 일에 적응을 하게 되지요. 매리앤은 그린 집 뒤장에 계단이 없어서 내려오지 못한다는 남자아이의 말이 생각나 뒷면에 계단등을 집의 내부를 그려 놓았지요. 다시 꿈을 꾸고 매리앤은 집안을 들어가서 계단을 통해 방에서 남자아이를 봤지요. 매리앤과 남자아이는 어제까지 없었던 계단이 생기고 울타리 근처에도 사과나무가 어떻게 생겨났는가에 대해서 논쟁을 하지요. 그러다가 매리앤은 남자아이가 많이 아프다 는걸 알았지요. 그리고 그 아이가 체스터필드 선생님이 말해주신 마크라는 남자아이라는 걸 알았지요. 마크 또한 깜짝 놀랐지요. 그러다가 커다란 시계종소리에 잠이 깨지요.
그날은 선생님의 생일이라서 매리앤은 선물을 준비합니다. 하지만 선생님은 마크가 준비한 생일 선물을 받느라 늦게 오시고 마크의 생일선물인 장미꽃다발을 정말 기뻐하시지요. 그 꽃다발은 본인이 준비한 것보다 훨씬 좋았지요. 매리앤은 마크가 미웠어요. 그래서 스케치북에 그려진 그림중 마크의 얼굴에 낙서를 하고 집을 감옥같이 만들었지요. 그리고 울타리밖에 있는 바위에 눈을 그려서 마크를 감시하는 교도관으로 생각하지요. 다시 그날 꿈을 꾸니 꿈속은 깜깜 했지요. 마크는 창문에 창살이 생겨서 어둡다고 하지요. 매리앤은 마크에게 이집과 창살 등은 자기가 그려서 생긴 거라고 말을 합니다. 하지만 마크는 믿지 못하는 눈치이지요. 매리앤은 화가 났어요. 더 이상 꿈을 꾸지 않을 거라고 마크에게 말합니다.
잠에 깬 매리앤은 마크를 없앨 거라는 생각에 검정크레용으로 마크를 새까맣게 그려 넣지요.
그리고 일주일후에 또 선생님이 수업에 늦게 오셨지요. 그런데 마크가 많이 아파서 병원에 입원을 하는 바람에 마크네 집에 들러서 오셔서 늦으셨다고 하네요. 매리앤은 자기 때문에 마크가 많이 아픈 것 같아서 걱정을 합니다. 마크를 새까맣게 그려서 마크가 죽을 지도 모른다는 죄책감을 가지게 되지요. 그런데 그 연필로 그린 그림을 지울수가 없어서 걱정을 합니다. 그래서 다시 건강해진 마크를 다시 그리기로 마음먹었는데 세상에! 스케치북이 보이지 않네요. 엄마가 치우신 것 같은데 어디에도 스케치북이 보이지 않습니다.
다시 꿈을 꾼 매리앤은 마크를 보게 되는데 많이 여읜 모습을 보고 마음이 아팠습니다. 마크와 현실과 꿈속이야기를 합니다. 매리앤은 본인이 그린그림이 지금의 꿈속과 같다는 말을 하고, 마크는 몸이 안좋은지 혼란스러워하지요. 매리앤은 마크의 건강을 되 찾을수 있는 방법을 생각하려고 합니다. 스케치북을 우연히 책꽃이에서 찾아서 지우개로 지웠지요. 지워지는 그림도 있지만 지워지지 않는 그림도 있었지요. 가령 기분 나쁜 돌덩이들은 지워지지 않았지요. 그 이상한 연필로 그린 그림은 지워지지 않은 거였지요. 그래서 마크가 편안하게 하기위해 침대, 탁자, 책꽃이 와 책 ,그리고 먹을 것 등을 그려 넣었지요. 꿈속에서 다시 마크를 만나게 된 마리앤 훨씬 편해 보이는 마크를 볼수 있었지요. 마크도 이 모든 것이 마리앤이 그림을 그려서 생겼다는걸 알았지요. 하지만 울타리 밖에 있는 감시자인 돌덩이에 대해서는 기분 나빠했지요. 정말 눈만 달린 돌덩이들은 정말 끔찍했지요.
선생님에게서 마크의 병이 호전되고 있다는 말을 듣고 매리앤은 아랫층 방에 자전거를 그려넣고 방마다 전등을 그렸지요. 그리고 언덕에 작은 등대를 그렸지요. 언덕너머에 바다가 있다고 생각하고요. 다시 마크를 만나지만 마크와 마리앤은 밖에있는 그 녀석들 때문에 신경이 쓰이지요. 그런데 아까 마리앤이 그린 작은 등대가 작동을 해 밝은 불빛을 비추고 있었는데 그 등대의 불빛이 마리앤과 마크편인 것 같았지요.그리고 등대의 불빛이 비칠때마다 그녀석들(돌덩이)이 움찔거리며 눈을 감는 것을 알았지요. 그리고 언덕너머에 바다가 있다고 말을 하지요. 그리고 마크와 자전거를 타고 바다에 갈수 있는가를 이야기 했지요.
마크와 함께 자전거 타는 연습을 하는데 생각보다 쉽지 않았지요. 하지만 선생님에게서 현실의 마크가 병원을 퇴원해서 집으로 돌아온 것을 알았지요. 그리고 꿈속의 마크 또한 자전거 연습을 하면서 침대에서 혼자 스스로 일어서서 조금씩 걷기 시작했어요. 그리고 그려놓은 라디오에서는 그녀석들의 생각을 들렸지요. 그 돌덩이들은 빛을 싫어했는데 그 녀석들의 수가 늘어나더니 울타리 밖에서 울타리 안으로 들어와 집 앞 가까이로 오고 있었어요. 매리앤와 마크는 돌덩이들을 피해 언덕위의 작은 등대로 가기로 했지요. 그리고 돌덩이들을 피해 자건거를 타고 마크와 매리앤은 등대로 출발하지요. 두사람은 죽을 힘을 다해 도망을 가고 돌덩이들은 쫓아오지요. 결국 자전거는 돌덩이들에게 부셔지지만 두사람은 등대 탑안으로 들어갈수 있었지요. 탈출한 뒤로 매리앤은 낮과 밤을 동시에 살고 있는 느낌이었지요. 낮에는 점점 병이 나아서 일어나는 시간이 조금씩 늘어났고 밤에는 언덕 뒤 등대에서 지내지요.
그런데 두사람은 언제까지 등대에 지낼수 없다는 것을 알았지요. 그리고 둘다 바다에 내려가고 싶어 하지요. 그런데 현실에서 부모님이 다음주에 매리앤을 데리고 바다에 놀러가리로하지요.
매리앤은 자기와 같은 연필을 그렸지요. 싫든 좋든 마크에게 연필을 빌려주어야 했지요.
매리앤의 가족은 여행준비로 바빴고 매리앤도 하루하루 즐겁고 신나게 보내지요. 하지만 무슨 이유인지 밤에 꿈을 꾸지 않았어요. 그리고 선생님으로부터 마크 또한 가족들과 바다에 간다는 말을 들었지요. 그 날 밤 매리앤은 마침내 꿈을 꾸었지요. 그런데 등대에는 마크가 없었지요. 등대 밖에도 마크가 있지 않았어요. 등대 책상에 스케치북이 있었어요. 그곳에는 멋있게 그려진 등대가 있고 등대 밖 절벽 위에는 조그만 사람이 서있는데 매리앤은 그사람이 자기라는 것을 알아보았지요. 하늘에는 작은 헬리곱터가 밧줄 사다리를 매단 채 떠 있었어요. 그림 밑에는 마크가 쓴 편지가 있었어요. 헬리곱터가 하루 종일 떠 있었지요 매리앤이 올때 까지요. 마크는 빨리 돌아와서 매리앤을 데려간다고 적혀 있었지요 매리앤은 마크가 자기를 데리고 올것이라고 믿고 기다립니다.
주인공 매리앤은 신비한 연필을 통해서 꿈속 셰계로 들어가지요. 거기서 자기와 마찬가지로 아픈 마크를 만나게 되면서 현실과 꿈의 세상을 보내게 되지요. 그곳에서 매리앤은 자기의 내면세계와 마주하게 되면서 병을 이기고자 하는 용기를 얻게 되면서 새로운 희망을 가지게 되지요.